Bioinformática

BT7412

Descripción del curso

El curso Bioinformática es de carácter electivo del Magíster en Ciencias de la Ingeniería, mención Química y del Doctorado. El programa cuenta con clases teóricas y trabajo práctico del alumno.

Objetivos

Entregar a los alumnos las herramientas para comprender los problemas básicos que se tratan en bioinformática, su motivación biológica, las soluciones algorítmicas más conocidas, y las herramientas bioinformáticas más importantes disponibles.

Contenidos

  •  Fundamentos de Biología Molecular
  • Conceptos básicos de computación
  • Comparación y búsqueda de secuencias
  • Ensamblado de fragmentos de ADN
  • Mapeo físico de ADN
  • Árboles filogenéticos
  • Predicción de estructura molecular
  • Reorganización de genomas
  • Herramientas bioinformáticas

Modalidad de evaluación

Un examen teórico y un trabajo práctico individual, ponderados 50% y 50%, que deben aprobarse separadamente.

Bibliografía básica recomendada

  • Mathura, Venkatarajan S., and Pandjassarame Kangueane, eds. .Bioinformatics: A  Concept-Based Introduction. Boston, MA: Springer US. doi:10.1007/978-0-387-84870-9.
  • Henry, Christopher S., Matthew DeJongh, Aaron A. Best, Paul M. Frybarger, Ben Linsay, and Rick L. Stevens. 2010. “High-Throughput Generation, Optimization and Analysis of GenomeScale Metabolic Models.” Nature Biotechnology 28 (9): 977–82. doi:10.1038/nbt.1672.
  • Conesa, Ana, Pedro Madrigal, Sonia Tarazona, David Gomez-Cabrero, Alejandra Cervera, Andrew McPherson, Michał Wojciech Szcześniak, et al. 2016. “A Survey of Best Practices for RNA-Seq Data Analysis.” Genome Biology 17: 13. doi:10.1186/s13059-016-0881-8.
  • Hu, Ying, Chunhua Yan, Chih-Hao Hsu, Qing-Rong Chen, Kelvin Niu, George A. Komatsoulis, and Daoud Meerzaman. 2014.            “OmicCircos: A Simple-to-Use R Package for the Circular Visualization of Multidimensional Omics Data.” Cancer Informatics 13 (January): 13–20. doi:10.4137/CIN.S13495.
  • Ladoukakis, Efthymios, Fragiskos N. Kolisis, and Aristotelis A. Chatziioannou. 2014. “Integrative Workflows for Metagenomic Analysis.” Frontiers in Cell and Developmental Biology 2 (November).        doi:10.3389/fcell.2014.00070
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